Según un estudio dirigido por investigadores de Weill Cornell Medicine y NewYork-Presbyterian, el enfoque de secuenciación del genoma completo se muestra prometedor en comparación con los métodos comerciales actuales para identificar a más pacientes que podrían beneficiarse de los tratamientos contra el cáncer con inhibidores de PARP.

Los resultados sugieren que merece la pena seguir desarrollando este enfoque.

En el estudio, publicado el 12 de enero en Communications Medicine, los investigadores realizaron un análisis de secuenciación del genoma completo en cientos de muestras tumorales obtenidas con el consentimiento informado de los pacientes, como parte de una iniciativa de medicina de precisión de Weill Cornell, NewYork-Presbyterian e Illumina, Inc., una empresa de biotecnología conocida por su tecnología de secuenciación del ADN.

Utilizaron los resultados para entrenar y validar un algoritmo que detecta la deficiencia de recombinación homóloga, un tipo de defecto en la reparación del ADN.

Los tumores con este defecto son vulnerables a los inhibidores de PARP, que alteran aún más la reparación del ADN, lo que provoca que las células cancerosas acumulen daños en el ADN y mueran.

Las quimioterapias basadas en platino, que también dañan el ADN, tienden a funcionar mejor en estos casos.

Una prueba inicial sugirió que el algoritmo es más preciso a la hora de predecir las respuestas al tratamiento con inhibidores de PARP en comparación con los métodos existentes.

«Un análisis exhaustivo de todo el genoma tiene ventajas en comparación con las estrategias tradicionales de detección selectiva para predecir la deficiencia de recombinación homóloga», afirmó el autor principal del estudio, el Dr. Juan Miguel Mosquera, profesor de patología y medicina de laboratorio y director de investigación patológica del Instituto Englander de Medicina de Precisión de Weill Cornell y patólogo del NewYork-Presbyterian/Weill Cornell Medical Centre.

El Dr. Mosquera también es miembro del Centro Oncológico Sandra y Edward Meyer de Weill Cornell.

El estudio fue una colaboración con la empresa de diagnóstico médico Isabl, Inc.

Hasta ahora, los médicos se han centrado principalmente en las mutaciones BRCA1 y BRCA2, los factores más frecuentes de este defecto de reparación del ADN, para determinar si los pacientes se beneficiarán de los inhibidores de PARP.

Estas mutaciones se encuentran con mayor frecuencia en pacientes con cáncer de mama, ovario, páncreas y próstata.

Sin embargo, las investigaciones demuestran que muchas otras mutaciones genéticas también pueden alterar este proceso de reparación y, en los últimos años, la secuenciación del genoma completo, que puede detectar estos cambios más amplios, se ha vuelto lo suficientemente asequible como para su uso rutinario.

El equipo utilizó 305 muestras de pacientes de Weill Cornell y NewYork-Presbyterian con diversos tipos de cáncer para entrenar un algoritmo desarrollado por Isabl.

El algoritmo busca una variedad de defectos en el ADN de todo el genoma que se sabe que están asociados con la deficiencia de reparación por recombinación homóloga.

A continuación, validaron el algoritmo utilizando una cohorte de 556 cánceres y lo compararon con métodos comerciales utilizando 212 muestras tumorales adicionales.

El algoritmo detectó la deficiencia en la reparación del ADN en muchas de las muestras, incluido el 21 % de los tumores de mama, el 20 % de los tumores de páncreas y de conductos biliares y el 17 % de los tumores ginecológicos.

Cabe destacar que el 24 % de los casos detectados no presentaban mutaciones BRCA1 o BRCA2, lo que pone de relieve la diversidad de las mutaciones genéticas subyacentes.

En varios casos, el algoritmo pareció señalar predicciones «falsas negativas» y «falsas positivas» del método comercial que no coincidían con los resultados de los pacientes.

El equipo tiene previsto realizar estudios más amplios del nuevo algoritmo de detección como herramienta general para orientar el tratamiento del cáncer.

Fuente: Weill Cornell Medicine